軍團菌感染首選抗菌藥物，包括喹諾酮類藥物，如左氧氟沙星、莫西沙星，大環內酯類抗生素，如阿奇霉素。軍團菌是一種革蘭氏陰性桿菌，廣泛存在于天然淡水和人工水域中，屬于條件致病菌，是引起軍團菌病暴發流行的重要病原體，也是社區和醫院獲得性肺炎中最常見的病原體之一。
對人致病的主要是噬肺軍團菌，主要累及肺，亦可導致多系統性損害，臨床特征為肺炎伴全身毒血癥，主要表現為兩種類型，一種潛伏期短，無肺炎表現，稱龐堤克熱，另一種潛伏期長，有肺炎表現，稱為嗜肺軍團菌肺炎。
左氧氟沙星和阿奇霉素有殺菌作用，可穿透肺組織，有效對抗造成人類感染的各種軍團菌，故為軍團菌感染的常用藥。早期使用適宜的抗生素可降低軍團菌感染的病死率。確診為軍團菌性肺炎的患者，除了選擇左氧氟沙星或阿奇霉素外，還可選用環丙沙星、莫西沙星、克拉霉素、羅紅霉素和多西環素。
一般對軍團病患者至少治療5日，直到其臨床情況穩定，且至少48小時無發熱時才考慮停藥。重度肺炎或有其他慢性基礎病的患者通常需要治療7-10日。器官移植者和免疫抑制疾病患者出現重度感染和復發的風險均較高，一般治療至少14日。