新型肺炎一般指新型冠狀病毒感染，咳嗽、頭疼可能是新型冠狀病毒感染引起的，也可能是風寒感冒、支氣管炎等疾病引起的。如果咳嗽、頭疼的癥狀較重，患者可以到呼吸內科就診，進行血常規、顱腦CT等檢查，明確病因并治療。
1、新型冠狀病毒感染：新型冠狀病毒可能會損傷咽喉黏膜，導致咽喉黏膜水腫、出血，繼而引起咳嗽、咳痰、咽干、咽痛的癥狀。并且，新型冠狀病毒具有一定的嗜神經性、神經侵襲性和神經毒性，容易結合神經組織對神經傳導造成破壞，引起腦部神經痛。患者可以遵醫囑使用鹽酸氨溴索口服溶液、鹽酸溴己新片等藥物止咳，使用布洛芬片、對乙酰氨基酚片等藥物鎮痛。
2、風寒感冒：風寒感冒主要是指因外感風寒而引起的普通感冒，患者可能會出現惡寒、發熱、鼻塞、流清涕、打噴嚏、頭痛、咳嗽等癥狀，可以遵醫囑使用風寒感冒顆粒、荊防顆粒等藥物治療。
3、支氣管炎：支氣管炎是病原微生物感染、過敏等因素導致的氣管、支氣管黏膜及其周圍組織的炎癥，患者一般會出現鼻塞、流涕、咽痛等癥狀，病情較重時可能會出現發熱、頭痛、乏力等全身癥狀，可以遵醫囑使用左氧氟沙星片、羅紅霉素膠囊等藥物治療。
此外，肺氣腫這一不常見因素也可能會引起此癥狀，建議患者完善檢查排除風險。在治療期間，患者需要適當增加飲水量，多吃新鮮的蔬菜、水果，避免吃辣椒、肥肉等食物。