房缺手術后心臟有刺痛的原因比較多，主要考慮是心臟神經官能癥、病情未恢復、器質性心臟病導致，具體的原因需要到醫院心血管外科進行心電圖、心肌酶、胸部X線等詳細檢查，根據原因在專業醫生的指導下進行針對性治療。
1、心臟神經官能癥：可能是因為房缺手術后長期焦慮、緊張、情緒激動導致心臟神經官能癥，會使患者的心血管功能紊亂，從而出現心悸、胸悶、憋氣、氣短等癥狀，并且在發病時會引起疼痛的感覺，導致房缺手術后心臟有刺痛，一般可以通過鼓勵療法、放松療法緩解不良情緒，舒緩壓力后通常能逐漸緩解；
2、病情沒有恢復：如果患者的病情比較嚴重，房缺手術后難以將病情治愈，就有可能會導致出現心臟有刺痛的情況，也有可能會引起呼吸困難等現象，可以通過再次手術的方式進行治療，再次手術可以直接治療第一次手術沒有作用到的病區；
3、器質性心臟病：除了患有房缺手術所治療的疾病之外，如果還患有冠心病、心肌炎，也有可能由于冠狀動脈缺血、痙攣，而出現房缺手術后心臟有刺痛的現象，要根據具體病因治療，如冠心病，可含服硝酸甘油片緩解，必要時行冠狀動脈搭橋手術治療。