適量食用葛根粉通常不會有明顯副作用，但長期過量食用可能會有副作用，患者應在中醫醫師的指導下用藥。
葛根粉性涼，長期過量食用可能會損傷脾胃陽氣，導致脾胃虛寒，出現腹痛、腹瀉、消化不良等癥狀。葛根粉中含有一定量的植物雌激素，如果長期大量食用，可能會導致體內雌激素水平過高，從而影響內分泌平衡，尤其對于本身激素水平不穩定的人群，可能會引發月經紊亂、乳腺增生癥等問題。
而且，每個人的體質不同，對葛根粉的耐受性也有所差異。部分人可能會對葛根粉中的某些成分過敏，長期食用可能會加重過敏反應。
如果本身脾胃虛寒或者有雌激素相關疾病，患者應謹慎食用。食用過程中，如果出現身體不適，如過敏、胃腸道不適等，應立即停止食用葛根粉，并及時就醫。