拔牙的時候如果牙根斷在牙槽骨里面，要根據折斷牙根的長短、牙根本身是否健康、是否存在根尖的病變、牙根的尖端是不是有重要的神經血管等因素，綜合考慮決定怎么處理。
一般情況下如果出現拔牙過程中牙根的折斷，需先停止操作，通過拍牙片了解牙根折斷的位置和長度，根尖是不是正常，為進一步的治療提供依據和參考。對于小于5mm的健康牙根，一般可以保留，不需要把牙根取出來。因為取牙根的過程本身也會造成新的損傷，加重術后的反應。所以對小于5mm的健康牙根，要進行仔細的維護，如定期檢查牙齒，遵醫囑服用布洛芬等消炎止疼藥等，讓拔牙窩正常愈合，待拔牙窩愈合后，牙根可以包埋在牙槽骨內，不會產生其他狀況。
如果斷裂的牙根本身超過5mm，或者是牙根本身存在炎癥，存在牙根以外的根尖病變，這時一般要取出來，否則會導致拔牙的傷口不愈合，產生牙床的感染。取牙根以前，一定要通過拍片，充分了解牙根的方向位置，跟鄰近的重要神經血管關系，制定正確的方案。使用根尖挺或者渦輪鉆的方式，將斷裂的牙根取出。這個過程要注意保護牙根四周，尤其是根尖外面的神經血管，避免因為取牙根造成更嚴重的損害。
牙根折斷的情況一旦發生，往往在取斷根過程中會進一步加重拔牙的損傷和反應。術后要高度注意對拔牙創口的維護，避免拔牙創口出血和感染的發生。