跑步膝蓋痛的治療需根據病因而定，如果單純只是跑步導致的膝蓋痛，則多考慮是跑步造成的膝蓋周圍軟組織拉傷，需停止跑步后再予以治療。但也可能是既往已經有膝關節軟骨磨損、膝關節內半月板交叉韌帶損傷、膝關節滑膜炎等情況，跑步誘發上述疾病后會導致膝蓋痛，需及時就醫，醫生會根據情況予以藥物治療、手術治療等。
1、膝蓋周圍軟組織拉傷：需要在停止跑步后，局部在24小時內先予以冷敷，24小時之后進行熱敷，并抬高患肢，必要時口服非甾體抗炎藥，如雙氯芬酸鈉緩釋片等；
2、膝關節軟骨磨損：既往膝關節軟骨已經存在磨損的情況，而跑步時則可能會誘發膝蓋痛，應該減少活動量，多注意休息，口服營養關節軟骨的藥物，如鹽酸氨基葡萄糖膠囊等，必要時關節腔內注射玻璃酸鈉；
3、膝關節內半月板交叉韌帶損傷：由于跑步時間過長或強度過大，造成既往膝關節內半月板磨損交叉韌帶又出現拉傷、水腫，從而引起跑步膝蓋痛。此時，應該減少活動量、抬高患肢，膝關節也要予以支具保護，也可以進行烤電等理療，口服活血化瘀、消腫的藥物，如龍血竭膠囊等。如果出現嚴重的半月板和交叉韌帶損傷，通常需要進行膝關節鏡下手術治療；
4、膝關節滑膜炎：既往患有膝關節滑膜炎的患者，運動可誘發局部滑膜水腫再次發炎，導致關節內積液增多，引起膝關節腫脹、疼痛。治療上，局部進行熱敷、烤電等理療，減少活動，也可以口服滑膜炎顆粒治療，病情嚴重者可以在關節鏡下進行病灶清除。
在日常生活中通過跑步鍛煉可以有益于身體健康，但是跑步前一定要進行適當熱身，不要超過膝蓋的耐受程度。如果出現跑步造成膝蓋痛、腫脹、不能活動的情況，請及時到醫院就診。