鋇灌腸和腸鏡檢查區別很明顯，主要是在術前準備、規范化操作程序以及觀察病變適用范圍有所不同。而且腸鏡檢查是臨床診斷結腸黏膜病變的金標準，鋇灌腸則在這方面不如腸鏡準確。
1、術前準備：在術前清潔腸道時，兩者有部分區別。腸鏡檢查必須清理干凈，出現清水樣大便，這樣才能不干擾腸黏膜表面的觀察。而鋇灌腸對腸道清潔度的要求略低，主要是了解大致腸道輪廓，可能出現黃色水樣便就已經足夠；
2、規范化操作程序：鋇灌腸主要是通過肛門向結腸內注入鋇造影劑，常用硫酸鋇，在放射線照射下顯示腸道輪廓，粗略評估腸道是否有病變。而腸鏡主要是通過帶有攝像頭的管道結構，直接插進腸道內觀察各段腸黏膜是否有病變；
3、觀察病變適用范圍：對于腸道黏膜病變，比如潰瘍性結腸炎、缺血性腸病、結腸癌、結腸息肉、結腸潰瘍等，腸鏡檢查無疑是金標準，比鋇灌腸更具有優勢，可以清晰直觀地看到腸道黏膜表面有沒有上述疾病內鏡下表現，比如息肉樣隆起、黏膜充血水腫糜爛、菜花樣腫物，還可以直接做病理檢查，明確診斷病變的性質。而對于大腸結構與周圍腹部器官形態改變，比如不完全性腸梗阻、腸道憩室等，鋇灌腸更有優勢，可以顯示各個腸段狹窄與否，有沒有結腸袋結構的消失，有沒有受其他器官壓迫等表現。