滴眼藥水眼睛短暫刺痛可能是對眼藥水過敏引起，還有可能是患者有結膜炎的原因，患者需要根據病因選擇合適的藥物治療。
1、過敏：
如果患者的眼睛對滴入的眼藥水過敏，可能會出現眼睛刺痛以及流淚、發紅等癥狀，需要暫停使用眼藥水，如果癥狀比較嚴重，還可以在醫生指導下口服抗組胺類的藥物治療，比如鹽酸左西替利嗪片、氯雷他定片等，一般這種過敏現象在幾天左右就會自行消失。
2、結膜炎：
結膜炎通常是由于患者不注意個人衛生，經常用手和袖子揉搓眼睛導致，同時經常佩戴隱形眼鏡或患者對花粉、煙塵過敏等，也會引起結膜炎的發生。患病后患者主要表現為眼睛畏光、流淚、發紅、干澀等，少數患者還會出現滴入眼藥水后出現短暫的刺痛感。患者可在醫生指導下使用妥布霉素滴眼液、鹽酸左氧氟沙星滴眼液等治療。
患者在治療期間要注意眼部衛生，禁止用不潔的雙手揉搓眼睛。