一般情況下，牙根底部隱隱作痛可能是根尖周炎、牙齦炎、齲齒等原因引起的，需要在醫生指導下對癥治療。具體分析如下：
1.根尖周炎：外力撞擊、細菌感染等原因可能引起根尖周炎，常伴有局部疼痛、腫脹等癥狀，患者可能會出現牙根底部隱隱作痛的情況，可在醫生的指導下吃人工牛黃甲硝唑膠囊、阿奇霉素片、甲硝唑芬布芬膠囊等藥物進行治療，如果癥狀嚴重，還可以通過根管治療術進行治療，緩解相關癥狀。
2.牙齦炎：齦牙結合部中的有害物質及所堆積的牙菌斑，長期作用于牙齦可能引起牙齦炎，常伴有牙齦出血、口臭、牙齦局部癢或脹等癥狀，可能會出現牙根底部隱隱作痛的情況，患者可在醫生的指導下吃牛黃上清片、清胃黃連丸、阿莫西林膠囊等藥物進行治療，緩解相關癥狀。
3.齲齒：細菌、口腔環境等原因可能引起齲齒，常伴有齲洞、探痛等癥狀，可能會出現牙根底部隱隱作痛的情況，患者可在醫生的指導下吃布洛芬片、復方對乙酰氨基酚片、雙氯芬酸鈉緩釋膠囊等藥物進行治療，緩解相關癥狀。