牛蒡子是牛蒡的果實，而牛蒡根是牛蒡的根須。兩者在應用場景、作用功效、治療效果上有較大不同，如果作為藥材應用，應在醫生指導下服用，以免選錯部位，耽誤病情。
1、應用場景：通常牛蒡根可以作為日常食材應用，可用來泡水、炒菜等，而牛蒡子一般較少食用。但作為藥用，兩者均可以入藥，具有一定的治療作用；
2、作用效果：牛蒡子味辛、苦，性寒，歸肺經、胃經，具有辛涼解表、疏散風熱、宣肺透疹、解毒利咽的功效。而牛蒡根更多用于治療氣血虧虛、四肢乏力、水腫、咽喉腫痛等疾病，有一定消腫祛毒、彭中養血的功效；
3、治療效果：由于兩者治療的疾病稍有差異，所以在不同的疾病中治療效果也不同。牛蒡子的消炎、鎮痛效果更佳，中藥中通常會以牛蒡子來入藥。
從西醫角度而言，牛蒡子與牛蒡根對于便秘、高血壓、高脂血癥人群也有一定的輔助治療效果。可以在西醫控制的基礎上應用中藥調理，幫助機體盡快恢復。