做試管嬰兒出現宮外孕的幾率并不大，但與自然妊娠相比，試管嬰兒出現宮外孕的幾率相對較高。通常自然妊娠中發生宮外孕的概率為1.2%-1.4%，而實施試管嬰兒技術后宮外孕的發生率為所有臨床妊娠中的2.1%-9.4%。
首先在做試管嬰兒的過程中，會使用大量的雌孕激素藥物刺激卵泡生成，可能會對卵巢組織造成刺激。其次，試管嬰兒技術面對的患者多數都是有著輸卵管、卵巢疾病或不良孕產史的女性，而這恰恰是宮外孕的兩大危險因素。通常移植胚胎后，胚胎并不會馬上種植到子宮內膜上，需要在宮腔內游走2-3天的時間，此時如果存在不利于胚胎種植的因素，如出現輸卵管疾病，或存在宮腔環境異常，胚胎難以種植到子宮腔內，可能會種植到輸卵管內，導致輸卵管妊娠的發生。此外，多胎移植也會增加試管嬰兒宮外孕的可能性。
試管嬰兒移植后，即使HCG查出陽性，也需要警惕宮外孕可能性。如果出現陰道出血或腹痛，需要及時到醫院檢查，一般在移植后的3-4周左右時間做經陰道B超，則能看見宮腔內或宮外孕的胎囊。