涂氟防齲有一定副作用，可能會導致氟中毒、氟斑牙等。
牙齒涂氟最大的副作用就是可能會因為氟的攝入量過高引起氟中毒，患者可能會出現脫發、發育不良或者出現氟斑牙的情況。所以在涂氟過程中，一定要嚴格規范的使用。正確的涂氟對牙齒的保護有明顯的作用，并且還能夠抑制口腔內細菌的生長。
涂氟防齲要嚴格的規范操作，使用的氟的劑量要在安全范圍之內，有涂氟防齲的需要，建議到醫院在醫生指導下規范使用，不要自行使用，避免不必要的后果。