衣原體是介于普通細菌與病毒之間的一種特殊病原微生物，臨床上比較常見的是肺炎衣原體、沙眼衣原體等，衣原體感染是否好治療，與感染的部位以及感染的嚴重程度等多方面因素有關。若衣原體引起的是呼吸道感染，且病情較輕，多數經過積極治療后，恢復較快，可能好治療。如果引起泌尿生殖系統感染，可能有遷延不愈的情況，或者患者本身病情較重，痊愈需要一段時間，治療較困難。
1、好治療：肺炎衣原體可以引起呼吸道感染，導致肺炎，出現咳嗽、發熱等相關癥狀。對于肺炎衣原體引起的呼吸道感染，通常需要遵醫囑使用鹽酸左氧氟沙星片、鹽酸莫西沙星片等喹諾酮類抗生素，或者使用阿奇霉素分散片、羅紅霉素膠囊等大環內酯類抗生素進行治療，多數情況下病情可以逐漸得到控制，治療不算困難，而且能較快痊愈；
2、治療較困難：若是沙眼衣原體引起的泌尿生殖系統感染，雖然在醫生的指導下規范進行抗感染治療，但是病情相對容易出現遷延不愈的情況，尤其沙眼衣原體感染可能還會導致前列腺炎，出現前列腺相關并發癥，相對比較難治療。此外，若衣原體肺炎病情嚴重時，可導致患者出現呼吸衰竭的并發癥，治療也有一定的難度，可能需要使用呼吸機輔助通氣治療。