抗菌藥物的不良反應主要有過敏反應、胃腸道反應、肝臟毒性、造血系統毒性以及腎臟損害。抗菌藥物主要用于各種感染性疾病的治療，患者應注意謹遵醫囑進行使用。
1、過敏反應：抗菌藥物作為半抗原進入到人體后，會與抗體形成抗原抗體復合物，從而激活補體，引起過敏反應，一般可引起蕁麻疹、哮喘、血清病樣反應，嚴重時還可以出現過敏性休克，尤其是頭孢菌素類藥物與青霉素類藥物，其過敏反應最為嚴重；
2、胃腸道反應：部分抗菌藥物，如大環內酯類抗生素，會對胃腸道黏膜造成損傷，刺激胃腸道黏膜后，患者可以出現惡心、嘔吐、食欲不振、腹瀉等胃腸道不良反應；
3、肝臟毒性：部分抗菌藥物需要在肝臟代謝，可能會引起肝細胞炎癥、水腫，造成肝臟損害，尤其是大劑量使用抗菌藥物時，可能會引起谷丙轉氨酶、谷草轉氨酶、堿性磷酸酶以及膽紅素等指標不同程度的升高；
4、造血系統毒性：部分抗菌藥物，如氯霉素等，可以抑制骨髓造血功能，可能會引起骨髓粒細胞和血小板合成、釋放障礙，出現白細胞減少、血小板減少等情況；
5、腎臟損害：由于抗菌藥物多在腎臟代謝，可能會引起腎小球、腎小管損傷，出現腎間質水腫，導致血清尿素氮、肌酐升高，甚至出現蛋白尿，嚴重時可以發生腎功能衰竭。
在使用抗菌藥物治療過程中，應該嚴密觀察，出現不良反應時，應及時前往醫院就診，以免對機體健康造成損害。