一般來說，長期腸道菌群失調的后果是容易出現脫水、水電解質代謝紊亂、腸易激綜合征、炎性腸病等。具體內容如下：
長期腸道菌群失調可導致患者出現腹瀉、腹脹、腹痛等腹部不適癥狀，還有少數患者伴有發熱、惡心、嘔吐等癥狀。如果患者不積極配合醫生的治療，或是盲目用藥，導致藥不對癥，都可導致病情加重，從而出現脫水、水電解質代謝紊亂、低白蛋白血癥等后果。甚至有部分患者會因長期腸道菌群失調出現腸易激綜合征、炎性腸病等后果，嚴重危害患者的健康。
建議長期腸道菌群失調的患者在醫生的指導下服用枯草桿菌二聯活菌顆粒、雙歧桿菌三聯活菌膠囊等調節腸道菌群的藥物進行治療。