濟生腎氣丸與金匱腎氣丸的區別通常有藥物組成不同、功效主治不同、適應證側重點不同、劑型不同、不良反應不同等，患者應在中醫醫師的指導下用藥。
1.藥物組成不同：濟生腎氣丸通常由熟地黃、山茱萸、牡丹皮、山藥、茯苓、澤瀉、肉桂、附子、牛膝、車前子組成；金匱腎氣丸的主要成分為地黃、山藥、山茱萸、茯苓、牡丹皮、澤瀉、桂枝、附子、牛膝、車前子組成。
2.功效主治不同：濟生腎氣丸通常具有溫腎化氣、利水消腫的功效，用于腎陽不足、水濕內停所致的腎虛水腫、腰膝酸重、小便不利、痰飲咳喘；金匱腎氣丸通常具有溫補腎陽、化氣行水的功效，用于腎虛水腫、腰膝酸軟、小便不利、畏寒肢冷。
3.適應證側重點不同：濟生腎氣丸更側重于利水消腫，對于水腫、小便不利等癥狀的治療效果可能更為明顯；金匱腎氣丸則更注重溫補腎陽，對于畏寒肢冷等腎陽虛癥狀的改善作用可能更突出。
4.劑型不同：濟生腎氣丸一般為水蜜丸或大蜜丸；而金匱腎氣丸有丸劑、片劑等劑型。
5.不良反應不同：兩者的不良反應尚不明確，但在使用過程中，如出現不適癥狀，應及時停藥并就醫。
患者在用藥期間需要多休息，避免勞累，多喝溫水，注意飲食清淡。