孕囊在宮頸口時，患者進行清宮會有一定的疼痛感。臨床上常通過電動吸引器吸引，或刮勺刮宮的方式進行清宮，清宮引起的疼痛主要是在宮頸口擴張過程中，神經牽拉而產生的疼痛。
即使孕囊在宮頸口，進行清宮手術時也需擴張宮頸口，因為清宮過程中不僅要清除孕囊，還要清除子宮內的蛻膜等妊娠產生的組織物。此外，在清宮過程中由于手術操作刺激，會誘發子宮收縮，以達到止血的目的，但子宮收縮也會引發輕重不等的疼痛，因此使用器具清宮以及子宮收縮都容易導致患者疼痛。若不存在麻醉禁忌證，可以在麻醉鎮痛下進行無痛清宮手術，可以達到短時間內的止痛效果。但如果患者本身存在凝血功能障礙、感染等情況，進行清宮術前要先給予相應處理，避免產生感染、出血等并發癥。
清宮手術的操作時間較短，因此患者不必過于擔心清宮手術帶來的疼痛。進行清宮手術后患者要注意休息、保暖，并在醫生指導下使用活血化瘀和預防感染的藥物進行治療，術后還要定期復查。