腳氣一般指足癬，灰指甲一般指甲癬。足癬和甲癬都是真菌感染引起的感染性疾病，發病部位也一致，都是足部，通常可以統一用藥，比較好的藥物包括復方酮康唑軟膏、鹽酸特比萘芬乳膏、伊曲康唑膠囊等，但都要遵醫囑選擇。
1、復方酮康唑軟膏：該藥物為復方制劑，其中的酮康唑有廣譜抗真菌作用，主要外用于敏感真菌導致的皮膚感染，如手癬、足癬、甲癬、體癬、股癬等，但是對酮康唑過敏的患者不能使用。
2、鹽酸特比萘芬乳膏：該藥物具有廣譜抗真菌作用，是通過干擾真菌麥角固醇的早期合成，從而達到抑制或殺滅真菌的目的，主要用于真菌引起的皮膚、指甲感染，如體癬、股癬、足癬、甲癬、頭癬等。鹽酸特比萘芬乳膏可經乳汁分泌，哺乳期婦女不得使用。
3、伊曲康唑膠囊：若病情較嚴重，患者也可以口服伊曲康唑膠囊進行全身治療，該藥物是通過抑制真菌細胞膜的合成，而發揮廣譜抗真菌作用的，對皮膚和指甲真菌性疾病效果一般都比較好，但是部分腎功能不全患者應慎用。
除此之外，還可遵醫囑選用克霉唑軟膏、聯苯芐唑溶液、氟康唑膠囊等藥物。