新鮮的黃花菜不能直接吃，其中含有秋水仙堿，對于人體有毒害作用。如果吃新鮮的黃花菜，建議用沸水沖泡后，再用涼水浸泡約兩小時以上即可食用。
新鮮的黃花菜是有一定毒性的，主要的毒性物質為秋水仙堿。如果不經處理直接吃，易引起食物中毒的情況，使食用者出現喉部干澀、胃部燒灼、腹脹惡心等癥狀，需將患者及時送往醫院對應科室就診，遵醫囑接受催吐或藥物治療，有助于緩解癥狀。如果需要食用新鮮的黃花菜，應通過沸水沖洗、涼水浸泡的步驟將秋水仙堿充分去除后再食用，能夠有效降低食用后身體不良反應發生風險，使營養價值更好地被吸收消化。
新鮮的黃花菜應適量食用，不宜一次性食用過多，以免引起腹脹、噯氣等消化不良情況。如出現消化不良，患者可在消化內科醫生指導下選用多潘立酮片、雞內金片等藥物對癥治療。