手足口疫苗大致可分為兩種，一種是人二倍體細胞疫苗，另一種是Vero細胞疫苗。手足口病Vero細胞疫苗和人二倍體細胞疫苗，無論在安全性、免疫效果上并不存在明顯的差別，適齡的兒童選擇其中一種接種即可。
1、適用年齡：人二倍體細胞疫苗比Vero細胞疫苗的適用范圍廣，Vero細胞疫苗適用于六個月齡到三歲的兒童，而人二倍體細胞疫苗適用于六個月齡到五歲的兒童；
2、培養基：Vero細胞疫苗是經動物培養基收獲病毒液，而人二倍體細胞疫苗本疫苗是經人體細胞培養收獲病毒液；
3、副作用：兩種疫苗在接種后都可能會出現發熱、頭暈、乏力、局部紅腫等，但由于Vero細胞疫苗是通過動物培養，可能會攜帶一些病毒，而人二倍體細胞疫苗與人體抗性一致，對機體產生的副作用更小。
手足口病是由多種腸道病毒所導致的急性傳染病，而腸道病毒71型只是其中一種病原體，因此受種兒童接種疫苗后，仍會出現其他病毒感染所導致的手足口病，家長在日常生活中要給兒童做好個人防護，盡量避免病毒感染。