咪喹莫特和氟尿嘧啶一般能同時用，遵醫囑用藥能夠起到較好的治療效果。
咪喹莫特常見劑型為乳膏劑，屬于一種免疫調節藥，常用于治療成人外生殖器和肛周尖銳濕疣。咪喹莫特能夠在用藥局部誘生多種細胞因子及相關產物，從而產生免疫調節和間接抗病毒作用。氟尿嘧啶的常用劑型為注射劑，其是脫氧核苷酸合成酶抑制劑，通過阻斷脫氧尿苷酸向胸腺嘧啶的轉化，從而干擾DNA的生物合成，起到抗增生和抗病毒的作用。
通常咪喹莫特和氟尿嘧啶能同時使用，一般不會發生不良反應，也不會影響皮膚對于藥物的吸收和利用。并且兩種藥物同時使用，能夠治療扁平疣，有利于增加抗增生、抗病毒及免疫調節作用，使皮損消退明顯加快，進而達到較好的治療效果。但需要注意的是，有研究證明，部分患者用藥后有皮膚刺激性發紅、灼痛等癥狀，還伴有程度不一的色素沉著，這些癥狀在停止用藥后可逐漸消失，患者不用過于擔心。
患者應在醫生的指導下使用咪喹莫特和氟尿嘧啶來治療，如果患者對這兩種藥物過敏應禁用，以免發生不良反應。