吞咽口水時耳朵深處疼的厲害可能是中耳炎或者咽鼓管炎癥等因素所引起，通常在吞咽口水或者吃東西的過程當中，耳朵的深處可能會有明顯疼痛的癥狀，可能會對正常的吞咽能力造成一定的影響，應該到耳鼻喉科做詳細的檢查，盡快對癥治療。
1、中耳炎：
吞咽口水時耳朵深處疼的厲害可能是耳朵受到了細菌或者病毒的感染引起，會形成中耳炎，可能還會導致耳朵里面流膿，一般在吞咽口水的過程當中，耳朵深處可能會產生明顯的疼痛，主要是耳朵里面的壓力發生了明顯的改變。中耳炎應該盡快在醫生的指導下，通過口服阿莫西林克拉維酸鉀分散片和蒲地藍消炎口服液等藥物進行治療，能起到消炎的效果。
2、咽鼓管炎癥：
吞咽口水時耳朵深處疼的厲害很可能是咽鼓管炎癥引起，一般在吞咽口水的過程當中，會導致咽鼓管里面壓力發生明顯改變，咽鼓管炎癥應該盡快在醫生的指導下，通過使用氧氟沙星滴耳液、鹽酸左氧氟沙星滴耳液進行治療，能夠起到比較好的消炎效果，可以減輕鼓膜充血的癥狀。