培元通腦膠囊作為中成藥制劑，由全蝎、水蛭、地龍、赤芍、肉蓯蓉、龜甲、熟地黃等多種藥物組成，具有益腎填精、活血通絡的作用，用于改善缺血性腦中風恢復期的癥狀。如果患者的癥狀持續存在，并且服用過程中未出現任何不適，長期服用也是可以的。
但是任何藥物長期服用，都必須評估其獲益和可能出現藥物副作用的風險之間的關系。培元通腦膠囊含有大量的活血化瘀類中藥，長期服用有可能會導致患者出現凝血功能障礙，存在出血風險。這些活血化瘀類的蟲類藥的藥性剛猛，活血化瘀功能強大，可能會對胃黏膜造成損害，長期服用可能會出現胃部不適、胃痛。另外，個別人群服用該藥物后，可能會出現惡心等不良反應。
根據國家藥典規范，培元通腦膠囊屬于臨床治療性藥物，不能作為保健品或預防性用藥長期使用，長期使用存在肝腎損傷、出血、胃腸道反應等風險。因此，培元通腦膠囊不可擅自長期服用，應該在醫生的指導下服用。