長期吃交泰丸的副作用與患者本身病情有關，若患者本身陽亢較重，需長期吃交泰丸，則長期服用以治療效果為主，沒有明顯副作用。若患者在癥狀消失、疾病痊愈后還繼續長期吃交泰丸，可能導致脘腹疼痛、腹瀉便溏、畏寒肢冷等脾胃虛寒的癥狀。
心主火屬陽、位居上焦，腎主水屬陰，居于下焦。生理上心火必須下降于腎，溫煦腎陽、使腎水不寒，腎水則要上濟于心，資助心陰，使心火不亢，若腎陰不足則心火缺少約束，會導致心火偏亢、心腎不交。交泰丸是一種臨床常用的交通心腎的方劑，用以治療心火偏亢、心腎不交，患者常見失眠、心悸心煩、怔忡不寧，或夜寐不安、口舌生瘡、腰膝酸軟等癥狀。交泰丸中黃連苦寒，清降心火，肉桂辛熱，溫助腎陽，二藥相伍，使心火得降，腎陽得復，腎水上承，心腎相交。但黃連用量是肉桂的十倍，全方寒熱并用而主以苦寒，因此若在癥狀消失、疾病痊愈后繼續吃交泰丸，可導致脾胃虛寒。
因此，患者出現交泰丸適應證后，應及時在正規醫院中醫科或醫館就診，在醫生指導下用藥治療。并且在治療一段時間后應該復查，明確疾病的恢復情況，遵醫囑停藥或減藥。