新生兒卡介疫苗不良反應主要有過敏反應以及炎癥反應。
1.過敏反應：卡介苗是由減毒牛型結核分枝桿菌懸浮液制成的活菌苗，具有增強巨噬細胞活性，加強巨噬細胞殺滅腫瘤細胞的能力。若是新生兒注射該疫苗，由于身體較為敏感，可能會導致出現紅腫、瘙癢、紅斑等過敏反應，可能會對身體造成一定的影響。
2.炎癥反應：若是家長平時未注意護理，由于新生兒的免疫力還比較弱，可能會導致局部病菌滋生，容易誘發感染，可能出現發熱、滲液、滲血等炎癥感染現象，容易影響新生兒的健康。