鹽酸羥甲唑啉噴霧劑的副作用，通常包括鼻充血、鼻黏膜不適、頭暈等，部分患者還可能會發生過敏等情況，所以要在醫生的指導下合理用藥，以免出現不良反應。
1、鼻充血：鹽酸羥甲唑啉噴霧劑屬于常用的一種鼻部用藥，可以治療急慢性鼻炎、鼻竇炎以及過敏性鼻炎等，還可以改善肥厚性鼻炎的癥狀，用藥以后能夠減輕炎癥反應導致的鼻黏膜充血、水腫。如果患者用藥過于頻繁或者長期用藥，可能會因為藥物長時間刺激而損害鼻黏膜上皮細胞，使患者出現反跳性鼻充血，甚至會引發藥物性鼻炎；
2、鼻黏膜不適：如果患者鼻黏膜比較敏感，可能在用藥以后出現鼻黏膜不適的情況，如鼻黏膜燒灼感、刺激感、干燥等，但是停藥后通常能夠自行恢復；
3、頭暈：由于鹽酸羥甲唑啉噴霧劑能夠起到收縮血管的作用，部分患者在用藥后還可能會導致血管過度收縮，繼而導致大腦缺血、缺氧，可能會引起頭暈，甚至出現心跳加快等癥狀；
4、過敏：如果患者本身就屬于過敏體質，可能會對鹽酸羥甲唑啉噴霧劑中的部分成分過敏，在使用鹽酸羥甲唑啉噴霧劑后會使機體出現過度免疫反應，引起過敏的癥狀，如鼻黏膜瘙癢、皮疹等。
鹽酸羥甲唑啉噴霧劑必須在醫生的指導下才能用藥，患者不可以私自使用，另外，孕婦以及2周歲以下的兒童禁用。