針灸的時候一般都是針灸在穴位上，在十四經上是有361個穴位，但實際上較多穴位平時較少應用于針灸治療。
針灸穴位個數隨著時代的推移有略微的變化。通常最認可的是2006年世界衛生組織主辦的針灸腧穴定位的國際標準，以361個穴位制定國際標準，所以通常針灸的穴位有361個。這是14經的穴位，包括任脈、督脈和一側肢體的加上對側肢體的翻一倍，所以針灸穴位有多少的時候，一般會說361個穴位。
針灸通常以針灸特定穴治療疾病，所以常用穴位較少，大概100個。通常肘、膝以下穴位，稱為五腧穴，包括井、滎、輸、經、合等穴位使用較多，即肘關節、膝關節下方、四肢穴位常用于針灸治療。背俞穴、募穴也使用較多，主要可用于調節臟腑，以及八脈交會穴大部分也在肘、膝關節以下。此外穴位針灸效果較明顯的特定穴，在部分特殊疾病上也會經常用到，所以較多特定穴相對也較重合。