牙根部挨著肉有窟窿一般認為是蛀牙，一旦發生只會越來越大，并不會靜止或自愈，建議患者早期進行檢查。醫生會根據患者的主訴，結合詳細檢查，必要時拍攝X線片，根據牙窟窿部位、大小以及患者的主觀癥狀明確診斷后，采取清潔補牙、根管治療或拔除治療。
1、清潔補牙：牙根部挨著肉有窟窿，當窟窿較小時，建議患者做到認真刷牙清潔此部位，飯后漱口，并保持局部清潔，以防牙窟窿繼續增大。但如果牙窟窿完全位于牙冠部，且牙窟窿并不是特別大，在去除干凈腐質后，可充填復合樹脂、玻璃離子等物質進行補牙；
2、根管治療：如果牙窟窿比較大，且感染已經波及牙神經，通常需要殺神經治療，即根管治療。一般在進行根管治療后，還需使用牙套保護；
3、拔除治療：如果牙根部挨著肉有大窟窿，且大窟窿向牙根部延伸較多，位于齦下方時，需觀察位于牙齦下方的具體位置。如果位于齦下1-2mm可根據醫生建議保留，如果牙根已經破壞，齲洞破壞到齦下3mm以上時，即使進行根管治療，做了牙冠后，預后也比較差，建議拔除治療。