通常情況下，健腦補腎丸的副作用尚不明確，禁忌主要是孕婦忌服。
健腦補腎丸氣微，味微甜，一般由紅參、鹿茸、狗鞭、肉桂、金牛草、炒牛蒡子等組成。具有健腦補腎，益氣健脾等功效。具有安神定志的功效。多用于脾腎兩虛所致的健忘、失眠，頭暈目眩，耳鳴心悸，腰膝酸軟等。目前該藥物的副作用尚不明確，禁忌主要是孕婦忌服，該藥物中的成分可能對胎兒產生負面影響。孕婦的身體正在經歷懷孕和胎兒發育的過程，藥物成分可能穿過胎盤，進入到胎兒體內，對胎兒產生不利影響，如導致胎兒畸形、早產等。
用藥期間，建議忌生冷、油膩食物。服藥時不宜同時服用藜蘆、五靈脂、皂莢或其制劑，不宜喝茶和吃蘿卜，以免影響藥效。對本品過敏者禁用，外感或實熱內盛者不宜服用，高血壓、糖尿病患者應在醫師指導下服用。服藥2周或服藥期間癥狀無改善，或癥狀加重，或出現新癥狀，應立即停藥并去醫院就診。