小朋友指甲蓋凹凸不平有小坑可能是由不良習慣、營養不良等導致的，具體情況如下：
1.不良習慣：很多小朋友喜歡咬自己的指甲，很容易導致指甲蓋凹凸不平有小坑，家長平時發現這種情況要及時制止小朋友，勤洗手，做好手部清潔衛生。
2.營養不良：小朋友指甲蓋凹凸不平有小坑也可能是營養不良的表現，比如缺鈣、鋅等微量元素。平時要注意小朋友的營養均衡，不要讓小朋友養成偏食的不良習慣，可多吃富含蛋白質的食物，如肉類、蛋類、奶制品類、堅果類、海鮮類等。