清胃黃連丸一般沒有最佳搭配的藥物。患者通常可以按照醫囑將清胃黃連丸搭配丹梔逍遙丸、復方氯己定含漱液、西地碘含片等藥物進行治療。
1.丹梔逍遙丸：清胃黃連丸具有清胃瀉火的功效，而丹梔逍遙丸對于用于肝郁化火引起的食欲不振、頰赤口干等癥狀通常可以起到不錯的治療效果。如果患者因為肝胃郁熱出現胃痛、口干、口苦等癥狀，可以按照醫囑使用清胃黃連丸和丹梔逍遙丸進行治療。
2.復方氯己定含漱液：復方氯己定含漱液為抗菌藥，常用于治療牙周膿腫、口腔黏膜潰瘍等情況。清胃黃連丸具有解毒消腫的功效，可以治療口舌生瘡、牙齦腫痛等癥狀。患者因為胃有實火造成單純性口腔異味、口苦等癥狀后，可以在醫生的指導下使用這兩種藥物進行治療，一般可以有效地緩解癥狀。
3.西地碘含片：西地碘含片為消毒防腐藥，可以有效地治療慢性咽喉炎、口腔潰瘍、牙周炎等疾病。清胃黃連丸一般可以清胃瀉火，患者因為心胃火盛出現口舌生瘡、牙齦腫痛等癥狀后，可以按照醫囑搭配西地碘含片來緩解癥狀。
患者還可以按照醫囑將清胃黃連丸搭配葡萄糖酸鋅顆粒、通竅鼻炎片、龍膽瀉肝丸等藥物進行治療。