患有炎癥時，核磁共振大部分能查到，如炎性肌病等，也存在個別部位炎癥核磁共振檢查發現率低，如肺部核磁共振檢查，本來肺組織顯示情況就比較差，因此核磁共振對于肺部輕度炎性病變可能發現不了。
炎癥是機體對化學因素或生物因素等入侵，發生以防御為主的局部組織反應，局部反應包括組織變質、滲出及細胞增生，主要臨床表現為患處紅、腫、熱、痛和功能障礙，有時可伴全身性發熱。炎癥可以引起病變部位組織細胞水腫，出現滲出增加，這些可以影響核磁共振檢查信號，因此大部分炎癥能夠通過核磁共振檢查到，以炎性肌病為例，核磁共振檢查中能顯示炎癥和炎癥后肌肉及周圍軟組織的變化，通過描述肌肉水腫或炎癥、筋膜炎癥、皮下炎癥、脂肪浸潤等重要的病理改變來幫助診斷炎性肌病。
進行核磁共振檢查時，注意檢查前去除身上的金屬物品，如手表、手鐲等，以免在檢查過程中產生偽影，從而影響檢查結果。