寶寶服用深度水解奶粉后一天可以排便2-5次，大便是綠色的。大便的次數也可能有一定的改變，只要大便的性狀是正常的就可以。
服用深度水解奶粉以后大便的次數和服用普通奶粉基本一樣，不會有明顯的改變。深度水解奶粉是將普通奶粉里面的大分子蛋白質經過特殊加工轉化為小分子的氨基酸，如果服用時腸道直接吸收氨基酸，避免腸道過敏的情況發生。從營養價值來看，深度水解奶粉和普通奶粉一樣，只是多數用于牛奶蛋白過敏的寶寶。
一般在輕中度牛奶蛋白過敏的人群中，消化功能不健全或者做過腸道手術的寶寶，也可以選用深度水解奶粉預防過敏，飲用深度水解奶粉有效果。深度水解奶粉的程度越深，引起過敏的可能性也就越來越小，與普通奶粉的服用方式一樣。喝深度水解奶粉后可以監測大便的性狀，只要外觀性狀正常，沒有黏液，含水量不多，視為正常大便。
需注意有蛋白質過敏家族史的寶寶可以選用深度水解奶粉。深度水解奶粉里面的蛋白質已經被分解為小分子量的肽類，因此容易被機體消化吸收。