腸結核患者如果同時出現腸梗阻、腸穿孔、慢性潰瘍等并發癥時，可能需要手術治療。因為通過藥物治療不能達到理想效果，此時應及時就醫在醫生的建議下，根據患者的不同情況選擇合適的手術治療方法。
1、腸梗阻：當腸結核患者，由于結核部位增生，并發腸梗阻時，會出現腹部劇烈疼痛，排泄困難等嚴重癥狀，嚴重時還會導致腸壞死。此時使用抗結核藥物不能治療腸梗阻的病癥，患者應采用手術治療切除部分腸管，以防對腸結核治療造成影響；
2、腸穿孔：腸結核患者在結核的長期侵蝕下，可能伴有腸穿孔，即小腸和結腸出現穿孔，導致腸內物質溢至腹腔，細菌進入腹腔，造成腹腔感染，嚴重影響腸結核患者的健康。此時簡單的藥物治療效果不佳，此時患者應遵醫囑進行手術治療，對腸穿孔部位進行處理；
3、慢性潰瘍：腸結核患者由于腸道慢性感染，使得腸道黏膜充血、水腫，可能造成腸道慢性潰瘍。此時患者可能會腸管出血，通過藥物治療無法有效控制出血部位的出血量，嚴重時還可導致低血容量性休克，甚至導致死亡，需要通過手術控制。
此外腸結核患者如果出現腸道大出血、病變游離穿孔并急性腹膜炎等癥狀時，也要進行手術治療。同時單純的腸結核不需要進行手術，可通過服用抗結核藥物如利福平膠囊、異煙肼片、鹽酸乙胺丁醇片等藥物進行治療，因此腸結核患者應及時就醫，以免病情加重。