胎兒心臟畸形的情況較多，預后需要根據畸形的嚴重程度來判斷，不能一概而論。心臟發育畸形的胎兒出生后可能在手術后存活，而嚴重的畸形出生后即可出現缺氧而死亡。
1、存活：胎兒先天性心臟病存在較多種，如果是不嚴重的發育畸形，通常都可以存活。經手術治療后并不影響生活質量或影響較小，比如單純的室間隔缺損或房間隔缺損、肺靜脈畸形引流、單純肺動脈口狹窄等。小的室缺或房缺有自愈可能，較大的可以經手術治療，而且預后良好；
2、不能正常存活：大部分心臟發育畸形都伴有染色體異常以及其他結構發育異常，嚴重的在胎兒期即可死亡。部分心臟畸形情況在胎兒出生后預后不好，即使手術治療，生活質量或壽命也并不能得到較好的改善，比如完全性大動脈轉位、重度肺動脈狹窄、三尖瓣發育不良、單心房、單心室等，這些畸形在胎兒產前檢查出后建議終止妊娠。