如果患者病情比較輕，孕期腸道功能紊亂可能不會影響胎兒；如果患者病情比較嚴重，孕期腸道功能紊亂一般會影響胎兒。
孕期腸道功能紊亂可能是飲食不當引起的，如果患者病情比較輕，未出現明顯的癥狀，比如腹痛、腹脹、腸蠕動異常等，這時經積極調理或治療，一般可以較快地恢復，所以這時孕期腸道功能紊亂可能不會影響胎兒。如果患者的病情比較嚴重，出現了食欲下降、消化不良、腸蠕動異常等情況，可能會影響胎兒的正常營養供給。此外，由于子宮與直腸是鄰近的器官，因此腸蠕動異常可能會刺激子宮，引起子宮收縮，繼而可能會導致流產或早產，所以這時孕期腸道功能紊亂一般會影響胎兒。