扁平疣褐色斑點微凸為人乳頭瘤病毒刺激表皮細胞、皮膚黑色素細胞功能，導致增生、黑色素生成增多引起的，可以通過藥物治療、物理治療來改善。
扁平疣是人乳頭瘤病毒感染所引起的常見病毒性皮膚病，多發生在面部、手背。當皮膚出現破損，人乳頭瘤病毒會通過破損處侵入，感染皮膚表皮細胞，引起細胞的異常和增生。還會影響局部皮膚黑色素細胞功能，導致黑色素生成增多，形成褐色或是和正常皮膚顏色基本相同的斑點，呈圓形或橢圓形，微凸，質地較硬。可遵醫囑使用復方水楊酸搽劑、水楊酸氧化鋅軟膏等藥物，通過促進表皮剝脫發揮治療作用。也可以遵醫囑使用維A酸軟膏、他扎羅汀乳膏等藥物，通過調節細胞免疫，來治療扁平疣。還可以前往醫院進行物理治療，包括冷凍、電灼、刮除、激光等。
平時要保證患處的干凈衛生，避免抓撓。