3歲寶寶半夜咳痰嘔吐可能是過敏性咳嗽、支氣管炎、肺炎的引起的，具體病因需要到醫院做檢查明確。
1、過敏性咳嗽：三歲寶寶半夜出現咳嗽嘔吐，可能是接觸了過敏性物質，比如動物的毛發或者花粉容易產生過敏性咳嗽，需要使用抗過敏藥物治療，比如鹽酸西替利嗪片、氯雷他定片和馬來酸氯苯那敏片。
2、支氣管炎：支氣管炎主要是支氣管的部位受到了細菌感染，黏膜會有充血和水腫，也會有咳嗽嘔吐癥狀，需要使用阿莫西林膠囊和牛黃蛇膽川貝液治療。
3、肺炎：肺炎主要是肺部的黏膜出現了細菌感染，出現咳嗽或者嘔吐的癥狀，主要通過靜脈輸液來促進炎癥的消失。