跑步腳疼，停下來不疼可能是足底筋膜炎、肌肉拉傷、外傷等原因導致的，建議對癥治療。具體分析如下：
1.足底筋膜炎：足底筋膜炎容易使腳部出現腫脹、疼痛等癥狀，而且還可能會在跑步過程中加重上述癥狀，但在停止跑步后，疼痛感可能會暫時消失。一般可以在醫生的指導下使用布洛芬緩釋膠囊、吲哚美辛貼片、萘普生片等藥物來治療。
2.肌肉拉傷：如果是長時間跑步，可能會導致腳部肌肉拉傷，出現疼痛的癥狀，而在停止跑步以后，疼痛的癥狀可能會慢慢的減輕。可以遵醫囑使用三七片、對乙酰氨基酚片、紅花油等藥物進行治療。
3.外傷：在跑步的過程中，如果腳部被石子、刀片等劃傷，可能會導致跑步腳疼，但在停下來后可能不疼，建議注意檢查腳部是否有外傷，如果有，建議適當使用醫用酒精、碘伏等清理傷口，以免造成感染。