生理鹽水可以通過高壓蒸汽滅菌法進行消毒滅菌，高壓蒸汽滅菌法適用于耐高溫、耐濕物品的滅菌，如普通培養基、生理鹽水、手術敷料等，由于生理鹽水耐高溫、耐濕，需要徹底消毒滅菌應使用高壓蒸汽滅菌法。
高壓蒸汽滅菌法是可以殺滅所有微生物，包括芽胞在內的一種滅菌方法，要將需要進行滅菌的生理鹽水放在高壓滅菌鍋內。在滅菌鍋密閉前，應將冷空氣充分排空，調整并確定滅菌時間與溫度，而生理鹽水的滅菌溫度是121℃，滅菌時間是15分鐘，加熱時蒸汽不外溢，高壓鍋內溫度會隨著蒸汽壓的增加而升高，取出生理鹽水時，應先關閉電源，再打開高壓滅菌鍋的蓋子，取出滅菌后的生理鹽水后，需放在無菌室內進行自然冷卻再放于冷藏冰箱內，并做好標記。
在進行高壓蒸汽滅菌法時，滅菌前應該先檢查滅菌器是否處于良好的工作狀態，以保證操作安全。如果使用的老式高壓滅菌鍋，應關閉電源，打開氣閥，將氣體全部排空，壓力為0時才能打開滅菌鍋，避免發生事故。