手足口病好了又咳嗽流鼻涕，可能是普通感冒、急性鼻炎、咳嗽變異性哮喘、鼻后滴流綜合征、支原體感染等原因引起的，建議及時就醫并遵醫囑治療。
1.普通感冒：手足口病后身體免疫力可能尚未完全恢復，容易受到病毒侵襲引起普通感冒，出現咳嗽、流鼻涕癥狀。病毒感染上呼吸道，導致鼻黏膜充血、分泌物增多，刺激呼吸道引起咳嗽。治療可使用復方氨酚烷胺膠囊、氨咖黃敏膠囊、感冒靈顆粒緩解感冒癥狀；若咳嗽較嚴重，可使用氫溴酸右美沙芬片、枸櫞酸噴托維林片、復方甲氧那明膠囊止咳；若鼻塞、流涕嚴重，可使用麻黃堿滴鼻液、賽洛唑啉滴鼻液、羥甲唑啉滴鼻液緩解鼻腔癥狀。
2.急性鼻炎：可能在手足口病后，因接觸過敏原或病毒感染引發急性鼻炎，表現為流鼻涕、鼻塞，炎癥刺激也可引起咳嗽。病毒或過敏原刺激鼻黏膜，引起黏膜炎癥和充血。治療可使用鼻用糖皮質激素如糠酸莫米松鼻噴霧劑、曲安奈德鼻噴霧劑、布地奈德鼻噴霧劑；抗組胺藥如氯雷他定片、西替利嗪片、地氯雷他定片；減充血劑如麻黃堿滴鼻液、賽洛唑啉滴鼻液、羥甲唑啉滴鼻液。
3.咳嗽變異性哮喘：如果患者本身有哮喘傾向，在手足口病后可能因呼吸道敏感性增加而誘發咳嗽變異性哮喘，表現為咳嗽，也可能伴有流鼻涕等過敏癥狀。氣道高反應性導致支氣管痙攣，引起咳嗽，過敏反應可能累及鼻腔。治療可使用吸入性糖皮質激素如布地奈德福莫特羅粉吸入劑、沙美特羅替卡松粉吸入劑、丙酸氟替卡松吸入氣霧劑；支氣管擴張劑如沙丁胺醇氣霧劑、特布他林霧化液、異丙托溴銨氣霧劑；白三烯調節劑如孟魯司特鈉片、扎魯司特片、普侖司特膠囊。
4.鼻后滴流綜合征：鼻腔分泌物倒流至咽喉部，刺激咳嗽感受器，引起咳嗽，同時可伴有流鼻涕癥狀。可能是鼻腔炎癥或其他原因導致分泌物增多，在夜間平臥或咳嗽時更容易倒流。治療要針對鼻腔疾病，使用鼻用糖皮質激素、減充血劑和抗生素等，具體藥物同上述相關疾病。同時可使用止咳藥緩解咳嗽。
5.支原體感染：手足口病后可能繼發支原體感染，引起咳嗽、流鼻涕等癥狀。支原體侵襲呼吸道，引發免疫反應。治療可使用大環內酯類抗生素如阿奇霉素膠囊、羅紅霉素膠囊、克拉霉素膠囊；止咳藥如氫溴酸右美沙芬片、枸櫞酸噴托維林片、復方甘草片；若有鼻塞、流涕等癥狀，可對癥使用藥物緩解。
需要注意的是，使用上述藥物時要謹遵醫囑，并及時就醫，以便醫生根據具體情況進行診斷和治療。