肺癌尤其是晚期非小細胞肺癌、肺腺癌，可能會存在基因突變的情況。有些基因突變與癌癥發生發展有關，也稱為驅動基因，臨床上肺癌有很多類型的基因突變，如EGFR基因突變、ALK基因突變等。
1、EGFR基因突變：是肺癌比較常見的基因突變。EGFR基因突變的主要形式包括19號外顯子缺失突變和21號外顯子L858點突變，也包括20號外顯子插入突變等類型。針對該驅動基因的改變，可以選擇相應的靶向藥，如吉非替尼、阿法替尼、達克替尼、奧希替尼、阿美替尼等，能夠有效地控制住疾病的進程；
2、ALK基因突變：ALK基因突變和ALK基因突變的融合形式，主要以EGFR和ALK這樣的融合基因為主。患者可以選擇相應的靶向藥，如克唑替尼、阿來替尼、色瑞替尼等，這對疾病的控制，以及整體的預后能起到比較大幅度的改善。
除受損基因突變外，肺癌的基因突變還有ROS1基因、RET基因、MET基因，尤其是MET14號外顯子跳躍式突變，還有BRAF基因，以及NTRK 融合形式的基因，當然還有KRAS基因突變形式，在臨床上有部分已經上市的靶向藥，能夠控制住疾病的進程。肺癌的基因突變形式不僅局限受損類型，目前認為與肺癌發生有關的基因可能主要是上述方面，但隨著未來的科技技術不斷發展，可能有更多的新基因突變形式，對肺癌的預后也會有進一步的改進作用。
