睡一覺醒來后腦和肩背痛可能是落枕、肌肉勞損、著涼等原因引起的，建議患者及時就醫進行治療，具體內容如下：
1.落枕：該病癥一般是指各種因素導致頸部肌肉出現急性損傷的疾病，常會在頸、肩、背等部位出現疼痛不適的癥狀，所以，睡一覺醒來后腦和肩背痛可能是落枕引起的。患者可在醫生指導下使用布洛芬乳膏、莫匹羅星軟膏、云南白藥膏等藥物進行治療。
2.肌肉勞損：如果睡一覺醒來后腦和肩背痛，可能是肌肉勞損引起的，常會引起疼痛癥狀。患者需要在醫生指導下使用雙氯芬酸鈉緩釋片、痛舒片、云南白藥膏等藥物進行治療。
3.著涼：在晚上睡覺的時候如果沒有做好相應的防寒保暖措施，身體著涼之后，可能會造成肌肉收縮、痙攣，引起睡一覺醒來后腦和肩背痛的癥狀。患者可在醫生指導下使用紅花油、骨通貼膏、活血止痛膠囊等藥物進行治療。