12歲孩子月經16天了還不干凈的原因包括內分泌失調、青春期功血、子宮肌瘤、子宮內膜炎、血液系統疾病。建議及時就醫，根據原因遵醫囑治療。
1、內分泌失調：12歲剛步入青春期，下丘腦-垂體-卵巢軸尚未完全成熟，激素分泌不穩定，雌激素水平波動大，子宮內膜不能規律脫落，導致月經淋漓不盡。可通過調整生活方式，規律作息、避免熬夜，適當運動，保持心情舒暢。若癥狀持續，可在醫生指導下使用短效避孕藥調節，如屈螺酮炔雌醇片、去氧孕烯炔雌醇片、炔雌醇環丙孕酮片，幫助穩定激素水平。
2、青春期功血：青春期功能性子宮出血多因內分泌紊亂引起，無排卵使得子宮內膜受單一雌激素刺激，不斷增生，缺乏孕激素拮抗，內膜脆弱易出血且難止血。可遵醫囑使用孕激素止血，如黃體酮膠囊、地屈孕酮片、醋酸甲羥孕酮片，使子宮內膜轉化，達到止血目的，后續還需調整周期。
3、子宮肌瘤：雖在青少年中少見，但也有發病可能。肌瘤影響子宮收縮，使血管不能有效閉合，導致出血不止。較小肌瘤可定期觀察，若肌瘤較大或癥狀嚴重，可能需手術治療，如肌瘤剔除術。在此期間，要注意避免劇烈運動，防止肌瘤扭轉等情況，可服用宮瘤消膠囊、桂枝茯苓丸、紅金消結片輔助控制肌瘤生長。
4、子宮內膜炎：不注意個人衛生，經期使用不潔衛生用品等，細菌感染子宮內膜引發炎癥，炎癥刺激使局部血管通透性增加，血液滲出，月經延長。可口服抗生素治療，如頭孢克肟膠囊、阿奇霉素片、鹽酸多西環素片，同時注意經期衛生，勤換衛生巾，保持外陰清潔。
5、血液系統疾病：如血小板減少性紫癜、白血病等，會影響凝血功能，導致月經出血不易止住。需針對具體血液疾病進行治療，如血小板減少性紫癜可使用糖皮質激素，如潑尼松片、地塞米松片、甲潑尼龍片，提升血小板數量，改善凝血，同時配合輸注血小板等治療，具體依病情而定。
12歲孩子出現月經長時間不干凈，家長務必重視，及時帶孩子就醫，進行婦科超聲、血常規、性激素六項等檢查，明確病因后在醫生指導下規范治療，切勿自行用藥，以免影響孩子生長發育。同時，要關注孩子心理健康，給予關心和支持。