女性懷孕三個月進行藥物流產，在胚胎排出的過程中會有明顯的疼痛感覺，可能比較痛苦。但如果是有陰道分娩史的女性，或者是胚胎停育流產、對疼痛耐受程度較高的情況下，可能疼痛感并不明顯，此時痛苦相對不明顯。
一、可能比較痛苦：懷孕三個月胚胎初步成型，組織相對較大，胎盤也已經生長發育，而藥物流產一般會有一個比較長時間的子宮收縮過程，需要逐漸軟化宮頸，宮頸口進行性擴張，到一定的程度后，才可使胎兒和較大的胎盤、羊水等組織通過宮頸排出。宮頸和子宮此時體積變化明顯，宮口擴張的過程常會有比較明顯的疼痛感覺，但是具體的疼痛程度，存在較大的個體差異，疼痛所經歷的時間也存在個體差異。如果是沒有陰道分娩歷史的女性，胚胎比較大，疼痛程度可能較高，時間偏長，相對痛苦程度會更加明顯。
二、痛苦相對不明顯：1、有陰道分娩史：由于子宮、宮頸口以及陰道較為松弛，女性疼痛的時間和程度一般都會較輕，子宮收縮到流產所需要的時間一般也會較少，且心理承受能力會更強，因此痛苦就可能會偏輕；
2、胚胎停育流產：如果女性是因為胚胎停育導致需要流產，而出現胚胎停止發育的情況，一般組織比較小，子宮收縮的程度較輕，胚胎從陰道排出所需要的時間也可能偏短，而且部分女性已經開始有陰道出血，宮頸已經軟化，此時流產的過程，一般痛苦較小；
3、對疼痛耐受程度較高：部分女性可能身體素質較高，對疼痛的耐受程度較高，且心理承受能力較強，在進行藥流的過程中，可能并不會感覺到較大的痛苦，但也不能因此放松懈怠，藥流后仍需注意休息，保持合理的飲食，并定期復查。