對于免費和自費的新生兒疫苗，一般根據新生兒和家庭情況選擇。免費疫苗是國家規定計劃免疫內的疫苗，由于預防的疾病危害性較大，通常要求強制接種，而自費疫苗屬于國家第二類疫苗，也就是計劃免疫外的疫苗，家長可以自行選擇是否接種。
免費疫苗包括乙肝疫苗、卡介苗、脊髓灰質炎疫苗、百白破疫苗、流腦疫苗等，此類疫苗預防的疾病危害性較大，一般強制要求新生兒接種，家長需要帶新生兒多次往返醫院進行接種。如果家庭經濟情況比較好，家長也可以選擇自費的五聯疫苗，也就是將脊髓灰質炎疫苗、百白破疫苗、流感嗜血桿菌疫苗合在一起的疫苗，一次性進行接種就可以實現5種疾病的預防，比較省時省力。自費疫苗包括流感疫苗、水痘疫苗、肺炎疫苗等，不要求強制接種，家長可以自費選擇。
無論是免費還是自費的新生兒疫苗，通常建議家長都選擇接種。新生兒身體素質比較薄弱，抵抗力比較低下，容易受外界病原微生物侵犯，自費疫苗預防的疾病也會給新生兒的健康帶來損害，因此家長最好都選擇接種，可以使新生兒獲得更廣泛的保護。