適度使用酵素牙膏一般并無明顯的副作用與危害，但若是過度使用，可能會出現清理不當、牙齒損傷、口腔潰瘍、過敏等副作用與危害。
1、清理不當：酵素藥膏一般是指添加天然酵素的一類藥膏，通常具有一定的美白牙齒效果。但由于該藥物含有磨料較少，對于食物殘渣以及細菌的清理作用，并不如普通牙膏。若是長期使用可能會導致口腔衛生清理不當，不利于保護口腔健康。
2、牙齒損傷：酵素牙膏中的酵素成分通常會與鈣質發生反應，若是長期使用該類牙膏，可能會導致牙齒出現損傷，易引起牙齒強度下降，出現裂紋的現象，從而影響正常的咀嚼功能，容易影響身體健康。
3、口腔潰瘍：口腔潰瘍通常是指發生在口腔黏膜的一種潰瘍性損傷病癥，而酵素牙膏對口腔通常有一定的刺激，長期使用容易導致口腔內部黏膜出現損傷，從而誘發該病，常會伴有口臭、頭暈、疼痛等不適癥狀。
4、過敏：酵素牙膏中的酵素作為添加物，通常有一定的致敏率，若是長期使用該牙膏可能會導致患者出現皮疹、口腔腫脹等過敏癥狀，通常不利于保護患者的身體健康。
除此之外，若是酵素牙膏使用不當，還可能出現缺鈣、肝腎損傷等副作用以及危害。建議平時適當使用該牙膏，避免對身體健康造成損傷。