金黃色葡萄球菌肺炎首選的抗生素與金黃色葡萄球菌藥物敏感性有關，常用抗生素如苯唑西林鈉、氯唑西林鈉等抗生素，建議患者及時就醫，在醫生指導下選擇抗生素治療，以免藥不對癥，不利于疾病恢復。
由于金黃色葡萄球菌近年來對青霉素耐藥性已達90％左右，因此可選用耐青霉素酶的半合成青霉素或頭孢菌素，常見如苯唑西林鈉、氯唑西林鈉、頭孢呋辛鈉等，同時可聯合應用氨基糖苷類藥物，如硫酸阿米卡星等，治療效果較好。阿莫西林、氨芐西林與酶抑制劑組成的復方制劑對產酶金黃色葡萄球菌也較為有效。
若從臨床癥狀以及影像學特征上判斷，肺炎患者符合金黃色葡萄球菌肺炎的特征，但藥物敏感性未得到明確，或僅培養出金黃色葡萄球菌，還未進行藥敏試驗，必要時可首先使用鹽酸萬古霉素或利奈唑胺，尤其對于病情嚴重的患者，待藥敏結果恢復后再結合具體情況調整治療方案。