巴氏腺囊腫剝離的危害包括破壞腺體功能，從而可能降低性生活質量，以及手術創傷較大，故建議最好做開窗手術。
1、破壞腺體功能：巴氏腺囊腫主要因為外陰或陰道有慢性炎癥，導致巴氏腺腺口阻塞，內部液體不能排出，因而形成囊腫。如果巴氏腺囊腫被完全剝離，會破壞腺體功能，巴氏腺本身具有分泌功能，尤其在性生活時由于性興奮會導致巴氏腺有大量分泌物排出，能起到潤滑陰道的作用，從而可預防性生活過程中的局部干澀、疼痛等情況。所以巴氏腺囊腫剝離不僅破壞腺體功能，也可能降低性生活質量；
2、手術創傷較大：如果做巴氏腺囊腫剝離手術涉及的部位比較深，出血會比較多，若縫合時沒有做好止血，可能會導致局部出現血腫。所以建議做巴氏腺囊腫開窗手術，更為簡單方便，還可保留腺體功能，損傷也較小。
女性在日常生活中應加強外陰護理，一旦患有陰道炎癥應積極治療，減少巴氏腺腺管粘連的可能性以及囊腫的形成。