正常情況下，核酸檢測做鼻拭子還是咽拭子，需要根據具體情況進行分析。核酸檢測可以明確機體中是否存在部分致病物質的核酸信息，可檢測細菌、病毒或寄生蟲等有害物質的相關脫氧核糖核酸或核糖核酸信息，即DNA和RNA。臨床上常用于判斷機體是否患有部分疾病，如乙型病毒性肝炎、艾滋病、流行性感冒、新型冠狀病毒感染等。
由于核酸檢測的種類較繁多，如可選擇經血液標本采集、經呼吸道標本采集或經排泄物采集等，故檢測方式也比較多，如血液標本、鼻拭子、咽拭子、肛拭子、皮膚標本等。若機體進行核酸檢測主要用于檢測呼吸道疾病，如流行性感冒、新型冠狀病毒感染等，由于此類疾病的致病物質主要侵犯呼吸道，故此時既可以選擇做鼻拭子，也可以選擇做咽拭子。若用于檢測乙型病毒性肝炎、艾滋病等疾病，由于此類疾病的致病物質主要分布于機體的血液中，故此時通常不選用鼻拭子或咽拭子，一般為血液標本取樣。